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大型多肽组数据库可提高HLA I型表位预测

发布日期:2019-12-20 浏览次数:18

美国麻省理工学院和哈佛大学的博德研究所Derin B. Keskin、Catherine J. Wu、Steven A. Carr、Nir Hacohen等研究人员合作建立了一个大型多肽组数据库,从而提高了对大部分人群中HLA I型表位的预测。相关论文2019年12月16日在线发表于国际学术期刊《自然—生物技术》。

为了能够在大部分人口中预测与内源性HLA I类相关的肽,研究人员使用质谱分析了从95种HLA-A、-B、-C和-G单等位基因细胞系洗脱的185000多个肽。研究人员确定了每个HLA等位基因的典型肽模体、不同等位基因的独特且共享的结合亚模体以及与不同肽段长度相关的独特模体。通过将这些数据与转录本丰度和肽加工相结合,研究人员开发了HLAthena,其为内源肽呈递提供了等位基因和长度特异性以及泛等位基因泛长度预测模型。与现有工具相比,这些模型预测的内源性HLA I类相关配体的阳性预测值具有1.5倍提升,并正确鉴定了在11种患者来源肿瘤细胞系中实验观察到的超过75%的HLA结合肽。

据了解,HLA表位的预测对于癌症免疫疗法和疫苗的开发很重要。但是,当前的预测算法的预测能力有限,部分原因是它们没有在涵盖广泛HLA等位基因的高质量抗原决定簇数据集上进行训练。

(新闻来源:科学网)